1998年，方星海收到时任建设银行行长周小川的一封邮件，问他是否愿意回国。几次电话沟通后，方星海深感双方的很多想法都“不谋而合”。当年8月，方星海动身回国。而在方星海自己的书中特别提到，回国的另一层考量是朱镕基的号召。据记载，1997年朱镕基会见外宾时感慨了一句：“我的学生怎么都没回来！”方星海于是响应朱总理的召唤回到中国。
方星海在2013年两会期间向刚刚担任总书记的习近平写了一封长长的自荐信。信中表示他愿意为“国家金融业发展作出贡献”。习近平估计都没耐心看这封信就把这封信转给负责金融和经济事务的国务院副总理马凯。2013年5月，就在他给习近平写信两个月之后，方星海就从上海调到北京中央财经领导小组办公室，随后出任国际经济局（四局）局长。当时中央财经领导小组办公室主任是习近平心腹刘鹤。
另一段广为流传的视频中，方星海当着西方学者的面表示，西方民主存在很大问题，需要进行政治改革，现场随即响起笑声。坐在一旁的哥伦比亚大学教授忍不住发笑，方星海则强调：“我是认真的。”对方回应：“是的，你确实是认真的。”——方星海随后反驳，西方不能只盯着别人的问题，却对自身的不足避而不谈。
《华尔街日报》24日报道，方星海被查前已有一些信号。他曾申请前往华盛顿的世界银行担任高级职位，但被中共中央组织部否决；申请被拒前后，他还被要求提交材料，详细说明自己的整个职业生涯，这一程序被视为组织部门提前审查的前兆。
